Moleküler mekanik, moleküler sistemleri modellemek için klasik mekaniği kullanır. Born-Oppenheimer yaklaşımının geçerli olduğu varsayılır ve tüm sistemlerin potansiyel enerjisi, kuvvet alanları kullanılarak nükleer koordinatların bir fonksiyonu olarak hesaplanır. Moleküler mekanik, küçükten büyüğe biyolojik sistemlerden veya binlerce ila milyonlarca atom içeren malzeme topluluklarından, büyüklük ve karmaşıklık bakımından değişen molekül sistemlerini incelemek için kullanılabilir.
Tüm-atomistik
moleküler mekanik yöntemler aşağıdaki özelliklere sahiptir:
·
Her atom bir partikül olarak simüle edilir
·
Her partiküle bir yarıçap (tipik olarak van der
Waals yarıçapı), polarize edilebilirlik ve sabit bir net yük (genellikle
kuantum hesaplamalarından ve/veya deneyden elde edilir) atanır.
·
Bağlı etkileşimler, deneysel veya hesaplanmış
bağ uzunluğuna eşit bir denge mesafesine sahip yaylar olarak ele alınır.
Bu
temanın varyantları mümkündür. Örneğin, birçok simülasyon, tarihsel olarak, her
terminal metil grubunun veya ara metilen biriminin bir partikül olarak kabul
edildiği ve büyük protein sistemlerinin genellikle amino asit başına iki ila
dört partikül atayan bir bead
(tane, boncuk, vs.) modeli kullanılarak simüle edildiği birleşik-atom tanımını
kullanmıştır.
https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_mechanics
17 Ağustos 2023
