Amino asitler, hem amino hem de karboksilik asit fonksiyonel gruplarını içeren organik bileşiklerdir. Doğada 500'den fazla amino asit bulunmasına rağmen en önemlileri proteinlere katılan 22 a-amino asittir. Yaşamın genetik kodunda yalnızca bu 22 tanesi yer alır.
Amino
asitler, çekirdek yapısal fonksiyonel grupların [(alfa- (a-), beta- (b-),
gama- (g-) amino asitler gibi]
konumlarına göre sınıflandırılabilir; diğer kategoriler polarite, iyonlaşma ve
yan zincir grubu tipi (alifatik, asiklik, aromatik, polar vs. ) İle ilgilidir.).
Protein
formundaki amino asit kalıntıları, insan kaslarının ve diğer dokuların ikinci
en büyük bileşenini (en büyüğü sudur) oluşturur. Amino asitler, proteinlerdeki
kalıntı rollerinin ötesinde, nörotransmitter taşınması ve biyosentez gibi bir dizi
işlemlere de katılırlar. Yeryüzündeki yaşamın oluşmasında ve ortaya çıkmasında
kilit rol oynadıkları düşünülüyor.
Amino
asitler, IUPAC-IUBMB Biyokimyasal Adlandırma Ortak Komisyonu tarafından, ‘tipik
bir L-alfa-amino asidin ‘nötral’ formdaki yapısına’ göre resmi olarak
adlandırılmıştır. Örneğin alaninin sistematik adı, CH3−CH(NH2)−COOH
formülüne dayanan 2-aminopropanoik asittir (Şekil-a). Komisyon bu yaklaşımı şu
şekilde gerekçelendirmiştir:
Verilen sistematik isimler ve formüller, amino gruplarının protonsuz ve
karboksil gruplarının ayrışmamış olduğu varsayımsal formlara atıfta bulunmaktadır.
Bu kural, çeşitli isimlendirme sorunlarından kaçınmak için faydalıdır, ancak bu
yapıların, amino asit moleküllerinin kayda değer bir kısmını temsil ettiği
anlamına gelmemelidir.
Proteinojenik
amino asitler, translasyon (çevrim) sırasında proteinlere biyosentetik olarak dahil
edilen amino asitlerdir. ‘Proteinojenik’ kelimesi ‘protein yaratan’ anlamına
gelir. Bilinen yaşam boyunca, standart genetik kodda 20 adet, ve özel translasyon
mekanizmalarıyla birleştirilebilen 2 ilave ile (selenosistein ve pirolizin) beraber,
22 proteinojenik amino asit vardır.
Buna
karşılık, proteinojenik olmayan amino asitler, proteinlere (GABA, L-DOPA veya
triiyodotironin gibi) dahil edilmeyen, genetik olarak kodlanmış bir amino asit
yerine, yanlış bir şekilde birleştirilen veya standart hücresel makineler
tarafından doğrudan ve izole olarak üretilmeyen amino asitlerdir
(hidroksiprolin gibi).
Hem
ökaryotlar hem de prokaryotlar, hücreyi yakındaki bir UGA kodonunu selenosistein
olarak çevirmeye yönlendiren, SECIS elemanı olarak bilinen bir nükleotit dizisi
yoluyla selenosistein'i proteinlerine dahil edebilir (UGA normalde bir durdurma
kodonudur). Bazı metanojenik prokaryotlarda UAG kodonu (normalde bir durdurma
kodonu) pirolisine de çevrilebilir.
Ökaryotlarda
sadece 21 proteinojenik amino asit vardır; standart genetik kodun 20'si artı
selenosistein. İnsanlar bunlardan 12 tanesini birbirlerinden veya diğer aracı
metabolizma moleküllerinden sentezleyebilirler. Diğer dokuzunun (genellikle
protein türevleri olarak) tüketilmesi gerekir, bu nedenle bunlara esansiyel amino
asitler denir. Esansiyel amino asitler histidin, izolösin, lösin, lizin, metiyonin,
fenilalanin, treonin, triptofan ve valindir (yani H, I, L, K, M, F, T, W, V).
Düzenli
Yapı (ordered structure)
https://en.wikipedia.org/wiki/Proteinogenic_amino_acid
https://en.wikipedia.org/wiki/Amino_acid
20
Nisan 2024
GERİ (biyoloji)
